ขั้นตอนในการขออนุญาตมี ๒ ขั้นตอน คือ

๑) การขอรับความเห็นชอบ

   ต้องยื่นขอรับความเห็นชอบในการประกอบกิจการคลังสินค้าตามแบบ ค.ส.๑ ต่อรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์ และเมื่อได้รับความเห็นชอบแล้วให้ไปจดทพเบียนจัดตั้งบริษัท ภายใน ๓๐ วัน นับตั้งแต่วันที่ที่กรมการค้าภายในมีหนังสือแจ้งให้ทราบ

๒) การขออนุญาตประกอบกิจการ

   เมื่อจดทะเบียนตั้งเป็นบริษัทแล้ว จะต้องยื่นขออนุญาตประกอบกิจการตามแบบ ค.ส.๒ ภายใน ๙๐ วัน นับตั้งแต่วันที่จดทะเบียนจัดตั้งบริษัทและเมื่อรัฐมนตรีอนุญาตแล้ว อธิบดีกรมการค้าภายในจะออกใบอนุญาตการประกอบกิจการคลังสินค้าให้ (แบบ ค.ส.๓)